El área de restauración tiene como objetivo principal velar por la conservación de las colecciones. Es también la encargada de establecer las medidas necesarias para estabilizar y minimizar los procesos de degradación de los objetos que integran la colección. Dispone de un laboratorio ubicado junto a los depósitos que el Museo tiene en el antiguo psiquiátrico de Bétera, donde se trabaja realizando tareas de conservación y restauración de los fondos, de las colecciones temporales, de piezas provenientes de subsedes y de los objetos que ya forman parte de las salas permanentes. La diversidad de materiales constituyentes de los objetos hace establecer tratamientos específicos siguiendo siempre unos criterios de actuación, controlando el número de intervenciones, aplicando técnicas y materiales reversibles y teniendo como máxima el respeto por la pátina original y las marcas de uso.